это вообше не принципиально, тут исключительно точность пересчёта систем координат и параметров ключа перехода в GNSS оборудовании. а вот нивелир просто передаёт высоту от точки к точке и при правильной работе точность невилира будет лучше  но тут всё зависит от расстояний.

С помощью GPS получают превышения относительно эллипсоида, с помощью нивелира - относительно геоида... На небольших расстояниях это не так принципиально, на больших - очень...